Die zurzeit aktuellste und effizienteste Zuchtwertschätzmethode ist das sogenannte BLUP-Tiermodell-Verfahren, das weltweit in allen Sparten der Nutztierzucht eingesetzt wird.

BLUP ist eine englische Abkürzung für ein statistisches Schätzverfahren und beschreibt im wesentlichen die Eigenschaften der Methode:

Beim BLUP-Tiermodell-Verfahren wird die Ausschaltung der Umwelteinflüsse gleichzeitig mit der Schätzung der Zuchtwerte durchgeführt, wobei die verfügbaren Leistungen aller bekannten verwandten Tiere berücksichtigt werden.

Tiermodell: Verwandtschaftliche Beziehungen werden berücksichtigt

Dadurch wird nicht nur die gesamte genetische Information aus dem jeweils verfügbaren Datensatz genützt, sondern man erreicht auch die bestmögliche Genauigkeit für die geschätzten Zuchtwerte. Die erhöhte Genauigkeit wirkt sich besonders auf der Sauenseite aus, wo in der Regel wenig direkte Nachkommen auf der Station geprüft werden.

Genetisches Niveau des Anpaarungspartners wird berücksichtigt

Die gleichzeitige Schätzung der Zuchtwerte für alle Tiere einer Population ermöglicht es auch, dass das genetische Niveau des jeweiligen Anpaarungspartners berücksichtigt wird. Beim BLUP-Tiermodell-Verfahren ist es also nicht mehr möglich, durch die gezielte Auswahl von Anpaarungspartnern den geschätzten Zuchtwert eines Ebers zu “verbessern”. Außerdem ermöglicht die gleichzeitige Zuchtwertschätzung für alle Tiere einer Population, dass die Zuchtwerte über die Generationen hinweg vergleichbar sind, d.h. der geschätzte Zuchtwert eines Ebers ist direkt mit dem seines Sohnes oder Enkels vergleichbar. Da beim Tiermodell alle verfügbaren Informationen über die Verwandten eines Tieres genutzt werden, können auch für entfernt verwandte Tiere, für die keine Vollgeschwister- bzw. Nachkommenleistungen vorliegen, Zuchtwerte geschätzt werden.

BLUP-Zuchtwerte verändern sich

Bei BLUP werden die Zuchtwerte aller Tiere aller Jahrgänge gleichzeitig geschätzt. Daraus ergibt sich eine Vergleichbarkeit der Zuchtwerte über die Generationen hinweg. Findet ein Zuchtfortschritt statt, was ja Ziel jeder züchterischen Arbeit sein soll, so werden die Zuchtwerte der jüngeren Tiere höher sein als die der älteren. Die Zuchtwerte der einzelnen Tiere werden immer zu einem gleitenden Populationsmittel in Beziehung gesetzt. Als Bezugsbasis gelten in Österreich die mittleren Zuchtwerte der jeweils lebenden 2-3 jährigen Eber und Sauen. Erhöht sich aufgrund des Zuchtfortschrittes dieser Mittelwert, so sinkt zwangsläufig der Zuchtwert eines älteren Tieres im Vergleich zu seinem früheren Schätzwert. Diese sogenannte "Abschreibung der Zuchtwerte" ist sicher eine gewöhnungsbedürftige Neuerung für jeden Züchter, bringt aber den Vorteil, dass die Zuchtwerte älterer Tiere direkt mit den jüngeren vergleichbar sind. Genetische Trends bzw. Zuchtfortschritte lassen sich dann klar erkennen.

Datengrundlage

Das BLUP-Tiermodell-Verfahren stellt durch die Berücksichtigung der Leistungen aller bekannten verwandten Tiere sehr hohe Ansprüche an die Qualität der Abstammungsdaten, falsche Abstammungen führen zu falsch geschätzten Zuchtwerten.
Als Datengrundlage der Zuchtwertschätzung für Mast- und Schlachtleistungsmerkmale werden die an der zentralen Österreichischen Schweineprüfanstalt  (ÖSPA) erhobene Leistungen verwendet.
Die ÖSPA hat im Jahr 1999 die damals vier regionalen Prüfanstalten in Österreich abgelöst. Die Konzentration auf eine Prüfstation brachte viele Vorteile : Aufgrund der gemeinsamen Datengrundlage mit voll vergleichbaren Leistungsdaten sind die vormals getrennten Zuchtpopulationen zu einer größeren zusammengewachsen, dies erlaubt höhere Selektionsintensitäten und bessere Zuchtfortschritte.
Durch die Top-Ausstattung der ÖSPA können die genetischen Unterschiede zwischen den Prüftieren besser erkannt werden, auch dies bringt Vorteile bei der Selektion und höhere Zuchtfortschritte:
Die der Leistungsprüfung vorgestaffelte zentrale Aufzucht der Prüfferkel (rd. 8-30 kg LG) bewirkt, dass alle Ferkel mit gleichen Chancen in die Prüfphase gehen -  der Effekt des Herkunftsbetriebes auf die Leistung in der Prüfphase, der in den alten Stationen eine große Rolle spielte, entfällt.
Mit computergesteuerten Fütterungsmaschinen ist die Haltung der Prüftiere in praxisnahen Gruppengrößen möglich, die Erfassung des Futterverbrauches ist wesentlich genauer als in den früheren Prüfstationen in denen die Prüfschweine einzeln oder in Zweiergruppen gehalten wurden - Futterverluste waren dabei ein großes Problem. Mit Hilfe der eigenen Schlachtstätte kann die Schlachtung  und Zerlegung der Prüftiere wesentlich besser standardisiert werden, Fleischfülle- und Fleischqualitätsparameter werden damit besser und genauer erfasst. Alle Leistungsdaten werden in der zentralen Datenbank in Streitdorf, auf die auch die Zuchtverbände online zugreifen, eingetragen